Bitcoin network example, with igraph
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377
bitcoin.ipynb
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@ -0,0 +1,377 @@
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|||
{
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"cells": [
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"import numpy as np\n",
|
||||
"import pandas as pd\n",
|
||||
"import matplotlib.pyplot as plt\n",
|
||||
"%matplotlib inline"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"import igraph as ig"
|
||||
]
|
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},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"# Load the graph"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"G = ig.read(\"data/bitcoin/bitcoinotc.graphml\")"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"G.to_undirected(combine_edges=\"first\")"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"# Clique distribution"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"G.clique_number()"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"cl = G.cliques()"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"plt.hist(list(map(len,cl)), bins=10);"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"# Rescale the timestamps"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"edges = pd.DataFrame([e.attributes().values() for e in G.es])\n",
|
||||
"edges.columns = G.es.attribute_names()\n",
|
||||
"edges.drop([\"Edge Label\", \"id\"], axis=1, inplace=True)\n",
|
||||
"edges.describe()"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"timerange = edges.time.max() - edges.time.min()\n",
|
||||
"timemin = edges.time.min()\n",
|
||||
"G.es[\"time\"] = (G.es[\"time\"] - timemin) / timerange"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"# Temporal subgraphs"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"G.subgraph_edges(G.es(lambda e: e[\"time\"] < 0.1)).summary()"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"def temporal_subgraph(graph, tmin=None, tmax=None, delete_vertices=True):\n",
|
||||
" if tmin==None:\n",
|
||||
" tmin = min(graph.es[\"time\"])\n",
|
||||
" if tmax==None:\n",
|
||||
" tmax = max(graph.es[\"time\"])\n",
|
||||
" return G.subgraph_edges(G.es(lambda e: (e[\"time\"] > tmin) & (e[\"time\"] < tmax)), delete_vertices=delete_vertices)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"temporal_subgraph(G, tmin=0.1, tmax=0.3).summary()"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"ti = 0\n",
|
||||
"dt = 0.01\n",
|
||||
"subg = temporal_subgraph(G, tmin=ti, tmax=ti+dt)\n",
|
||||
"layout = subg.layout(\"kk\")\n",
|
||||
"ig.plot(subg, layout=layout)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "markdown",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"source": [
|
||||
"# Export multilayer graph"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"dt = 0.05\n",
|
||||
"layout = []\n",
|
||||
"subg = []\n",
|
||||
"for i in range(2):\n",
|
||||
" subg.append(temporal_subgraph(G, tmin=i*dt, tmax=i*dt+dt))\n",
|
||||
" layout.append(subg[i].layout(\"kk\").coords)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"vs_df = pd.DataFrame()\n",
|
||||
"es_df = pd.DataFrame()\n",
|
||||
"for i in range(2):\n",
|
||||
" subg_vs = pd.DataFrame(layout[i])\n",
|
||||
" subg_vs.columns = [\"x\",\"y\"]\n",
|
||||
" subg_vs[\"id\"] = np.arange(len(layout[i]))\n",
|
||||
" subg_vs[\"layer\"] = i+1\n",
|
||||
" # subg_vs.to_csv(\"vs1.csv\", index=False)\n",
|
||||
" vs_df = pd.concat([vs_df,subg_vs])\n",
|
||||
" subg_es = pd.DataFrame([[e.source,e.target] for e in subg[i].es])\n",
|
||||
" subg_es.columns = [\"u\",\"v\"]\n",
|
||||
" # subg_es.to_csv(\"es1.csv\", index=False)\n",
|
||||
" es_df = pd.concat([es_df,subg_es])\n",
|
||||
" \n",
|
||||
"vs_df.to_csv(\"vs.csv\", index=False)\n",
|
||||
"es_df.to_csv(\"es.csv\", index=False)"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"metadata": {
|
||||
"autoscroll": false,
|
||||
"collapsed": false,
|
||||
"ein.tags": "worksheet-0",
|
||||
"slideshow": {
|
||||
"slide_type": "-"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"metadata": {
|
||||
"kernelspec": {
|
||||
"display_name": "Python 3",
|
||||
"language": "python",
|
||||
"name": "python3"
|
||||
},
|
||||
"language_info": {
|
||||
"codemirror_mode": {
|
||||
"name": "ipython",
|
||||
"version": 3
|
||||
},
|
||||
"file_extension": ".py",
|
||||
"mimetype": "text/x-python",
|
||||
"name": "python",
|
||||
"nbconvert_exporter": "python",
|
||||
"pygments_lexer": "ipython3",
|
||||
"version": "3.6.4"
|
||||
},
|
||||
"name": "bitcoin.ipynb"
|
||||
},
|
||||
"nbformat": 4,
|
||||
"nbformat_minor": 2
|
||||
}
|
||||
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