dimitri/GardenOptim
1
0
Fork 0
Code Issues Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Add phylogenetic tree and better cost computation

Browse source
This commit is contained in:
Dimitri Lozeve 2020-02-21 20:45:16 +01:00
parent d3513c008a
commit c117b9cccb
5 changed files with 888 additions and 12 deletions
Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

62
data/associations.csv Normal file
View file

@ -0,0 +1,62 @@
name,Liliaceae,Ail,Asperge,Ciboulette,Echalote,Oignon,Poireau,Fabaceae,Fève,Haricot,Pois,Apiaceae,Aneth,Carotte,Celeri,Cerfeuil,Fenouil,Panais,Persil,Solanaceae,Aubergine,Poivron,Pomme de terre,Tomate,Brassicaceae,Chou,Chou rave,Chou rouge,Navet,Radis,Cucurbitaceae,Concombre,Cornichon,Courge,Courgette,Melon,Potiron,Artichaut,Basilic,Bette,Betterave,Bourrache,Capucine,Cardon,Chicoree,Cresson,Epinard,Estragon,Fraisier,Laitue,Mâche,Maïs,Menthe,Oeillet d'inde,Sarriette,Sauge,Scorsonère,Souci,Tétragone,Thym,Tournesol
Liliaceae,,,,,,,,-2,,,,1,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Ail,,,-1,,,1,,-2,,-2,-2,,,1,,,,,,,,,1,1,,-1,,,1,,,1,,,,,,,,,1,,,,,,1,,1,1,1,,,,,,,1,,,
Asperge,,-1,,,-1,-1,1,,0,1,0,,,,,,,,1,,,,,1,,-1,,,,,,1,1,,,,,1,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Ciboulette,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Echalote,,,-1,,,-1,,,,,-2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Oignon,,1,-1,,-1,,-1,-2,-2,-2,-2,,1,1,,,,1,,,-1,1,,1,,-1,,,,,,1,1,1,1,,,1,,1,1,,,,1,,,,1,1,,,,,,,1,1,,,
Poireau,,,1,,,-1,,-2,-2,-2,-2,,,2,1,,1,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,1,,,,-1,,,,,,,1,,1,1,,,,,,,1,1,,,
Fabaceae,-2,-2,,,,-2,-2,,,,,,,,,,,,,,,,1,,1,,,,,,1,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Feve,,,0,,,-2,-2,,,,,,,,,,,1,,,,,1,1,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,1,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Haricot,,-2,1,,,-2,-2,,,0.8,-1,,,1,1,,,1,,,1,,1,,,1,,,,1,,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,,,1,,1,,1,1,1,2,,,,,,,1,,
Pois,,-2,0,,-2,-2,-2,,,-1,0.8,,,1,1,,,,,,1,,1,-1,,1,,,1,1,,1,1,1,1,1,,0,,,,,,,1,,1,,,1,1,,,,,,,,,,
Apiaceae,1,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Aneth,,,,,,1,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,1,,,,,1,,,,,,,,,,,
Carotte,,1,,1,,1,2,,,1,1,,1,,,,,,,,,1,,1,,1,,,,1,,,,,,,,,,1,-1,,,,1,,1,,,1,,,-1,,,,1,,,,
Celeri,,,,,,,1,,,1,1,,,,,,1,,,,,,,1,,1,,,1,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,
Cerfeuil,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Fenouil,,,,,,,1,,,,,,,,1,,,,,,,-1,,-1,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Panais,,,,,,1,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,1,,1,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,
Persil,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,1,-1,,,,,,,,,,,
Solanaceae,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Aubergine,,,,,,-1,,,,1,1,,,,,,,,1,,,1,-1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,1,
Poivron,,,,,,1,,,,,,,,1,,,-1,,,,1,,,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Pomme de terre,,1,,,,,,1,1,1,1,,,,,,,,,,-1,,,-1,,,,,,-1,,,,,-1,,,,,,,,1,,,,,,,,,1,,,,,,1,,,
Tomate,,1,1,,,1,1,,1,,-1,,,1,1,,-1,1,1,,1,1,-1,0.8,,1,,-1,,1,,,,,,,,,2,,-1,,,,,,1,,,1,,1,,2,,,,1,1,,
Brassicaceae,,,,,,,,1,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Chou,,-1,-1,,,-1,,,,1,1,,,1,1,,,1,,,,,,1,,-1,,,,,,1,1,,,,,1,,,1,,1,,1,,1,,-1,1,-1,,,1,1,,,,,,
Chou rave,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,
Chou rouge,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Navet,,1,,1,,,,,,,1,,,,1,,1,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,1,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,
Radis,,,,,,,,,,1,1,,,1,,-1,,1,,,,,-1,1,,,,,-1,,,-1,-1,,,,,1,,1,1,,1,1,,1,1,,,1,1,,,,,,1,,,,
Cucurbitaceae,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Concombre,,1,1,,,1,,,,1,1,,1,,,,,,,,,,,,,1,,,,-1,,0.8,,-1,-1,-1,,,1,,,,1,,1,,,,,1,,1,,1,,,,,,,
Cornichon,,,1,,,1,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,-1,,,0.8,-1,-1,-1,,,1,,,,1,,1,,,,,1,,1,,1,,,,,,,
Courge,,,,1,1,1,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,0.8,,,,,,,,,1,,,,,,,,,1,,,,,,,,,
Courgette,,,,1,1,1,,,,1,1,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,-1,-1,,0.8,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,
Melon,,,,,,,1,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,0.8,1,,,,,,1,,,,,,,1,,1,,,,,,,,,1
Potiron,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Artichaut,,,1,,,1,,1,,,0,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,1,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Basilic,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,2,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,
Bette,,,-1,,,1,-1,,,1,,,,1,1,,,,,,,,,,,,1,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Betterave,,1,,,,1,,,,1,,,,-1,,,,,,,,,,-1,,1,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,-1,,,1,,-1,,,,,,,,,
Bourrache,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Capucine,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,1,,,,1,,1,1,1,,1,,1,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Cardon,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Chicorée,,,,,,1,,,,1,1,,1,1,,,,,-1,,,,,,,1,,,,,,1,1,,,,,,,,1,,,,,,1,,,,-1,,,,,,,1,,,-1
Cresson,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Epinard,,1,,,,,1,,,1,1,,,1,,,,,,,,,,1,,1,,,1,1,,,,,,,,,,,-1,,,,1,,,,1,1,-1,,,,,,,,,,
Estragon,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Fraisier,,1,,,1,1,1,,1,1,,,,,,,,,1,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,1,,,1,,,,,,1,,,,,
Laitue,,1,,,,1,1,,,1,1,,1,1,,1,,-1,-1,,,,,1,,1,,,,1,,1,1,,,1,,1,,1,1,,,,,,1,,1,1,,,,,,,1,,,,-1
Mâche,,1,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,1,,,,,,,,,1,,,,,,-1,,-1,,,,,,,,,,,,,,
Maïs,,,,,,,,,,2,,,,,-1,,,,,,,,1,1,,,,,,,,1,1,1,,1,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Menthe,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Oeillet d'inde,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,2,,1,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Sarriette,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Sauge,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Scorsonère,,,,,,1,1,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,1,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Souci,,1,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,
Tétragone,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Thym,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Tournesol,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,-1,,,,,-1,,,,,,,,,,,
1 name Liliaceae Ail Asperge Ciboulette Echalote Oignon Poireau Fabaceae Fève Haricot Pois Apiaceae Aneth Carotte Celeri Cerfeuil Fenouil Panais Persil Solanaceae Aubergine Poivron Pomme de terre Tomate Brassicaceae Chou Chou rave Chou rouge Navet Radis Cucurbitaceae Concombre Cornichon Courge Courgette Melon Potiron Artichaut Basilic Bette Betterave Bourrache Capucine Cardon Chicoree Cresson Epinard Estragon Fraisier Laitue Mâche Maïs Menthe Oeillet d'inde Sarriette Sauge Scorsonère Souci Tétragone Thym Tournesol
2 Liliaceae -2 1 -1
3 Ail -1 1 -2 -2 -2 1 1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1
4 Asperge -1 -1 -1 1 0 1 0 1 1 -1 1 1 1 -1
5 Ciboulette 1 1 1 1
6 Echalote -1 -1 -2 1 1 1
7 Oignon 1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -2 1 1 1 -1 1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
8 Poireau 1 -1 -2 -2 -2 -2 2 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1
9 Fabaceae -2 -2 -2 -2 1 1 1 1
10 Feve 0 -2 -2 1 1 1 1 1 1
11 Haricot -2 1 -2 -2 0.8 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1
12 Pois -2 0 -2 -2 -2 -1 0.8 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1
13 Apiaceae 1 1 1
14 Aneth 1 1 1 1 1
15 Carotte 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 -1 1
16 Celeri 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
17 Cerfeuil -1 1
18 Fenouil 1 1 -1 -1 1
19 Panais 1 1 1 1 1 1 -1
20 Persil 1 1 1 -1 1 -1
21 Solanaceae -1
22 Aubergine -1 1 1 1 1 -1 1 1 1
23 Poivron 1 1 -1 1 1 1
24 Pomme de terre 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 -1 1 1 1
25 Tomate 1 1 1 1 1 -1 1 1 -1 1 1 1 1 -1 0.8 1 -1 1 2 -1 1 1 1 2 1 1
26 Brassicaceae 1 1
27 Chou -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 -1 1 1
28 Chou rave 1 1
29 Chou rouge -1
30 Navet 1 1 1 1 1 -1 1 1
31 Radis 1 1 1 -1 1 -1 1 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
32 Cucurbitaceae 1
33 Concombre 1 1 1 1 1 1 1 -1 0.8 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1
34 Cornichon 1 1 1 1 1 -1 0.8 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1
35 Courge 1 1 1 1 1 1 -1 -1 0.8 1 1
36 Courgette 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 0.8 1
37 Melon 1 1 1 -1 -1 0.8 1 1 1 1 1
38 Potiron 1
39 Artichaut 1 1 1 0 1 1 1 1
40 Basilic 1 2 1 1 1
41 Bette -1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1
42 Betterave 1 1 1 -1 -1 1 1 1 -1 1 -1
43 Bourrache 1 1
44 Capucine 1 1 1 1 1 1 1 1 1
45 Cardon 1 1
46 Chicorée 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1 -1 1 -1
47 Cresson 1
48 Epinard 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 -1
49 Estragon 1
50 Fraisier 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1
51 Laitue 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
52 Mâche 1 1 1 -1 1 1 -1 -1
53 Maïs 2 -1 1 1 1 1 1 1 -1
54 Menthe -1
55 Oeillet d'inde 2 1 1 1
56 Sarriette 1
57 Sauge 1
58 Scorsonère 1 1 1 1 1 1
59 Souci 1 1 1 1 1 1
60 Tétragone 1 1 1
61 Thym 1
62 Tournesol 1 -1 -1