dimitri/GardenOptim
1
0
Fork 0
Code Issues Pull requests Projects Releases Packages Wiki Activity Actions

Compute costs matrix from phylogenetic tree and reorganise sources

Browse source
This commit is contained in:
Dimitri Lozeve 2020-02-22 16:41:25 +01:00
parent c117b9cccb
commit 34d9cd000d
5 changed files with 136 additions and 215 deletions
Download patch file Download diff file Expand all files Collapse all files

52
data/costs.csv
View file

@ -1,52 +0,0 @@
name,Ail,Asperge,Ciboulette,Echalote,Oignon,Poireau,Fève,Haricot,Pois,Aneth,Carotte,Celeri,Cerfeuil,Fenouil,Panais,Persil,Aubergine,Poivron,Pomme de terre,Tomate,Chou,Chou rave,Chou rouge,Navet,Radis,Concombre,Cornichon,Cucurbita,Courgette,Melon,Artichaut,Basilic,Bette,Betterave,Capucine,Chicoree,Cresson,Epinard,Fraisier,Laitue,Maïs,Menthe,Oeillet d'inde,Sarriette,Sauge,Scorsonère,Souci,Tétragone,Tournesol,Vigne,Lavande
Ail,,,,,1,,-1,-1,-1,1,1,1,1,1,1,1,-1,-1,1,1,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,1,1,,,,,,,1,,,,
Asperge,,,,,,1,-1,1,-1,1,1,1,1,1,1,1,-1,-1,-1,1,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Ciboulette,,,,,,,-1,-1,-1,1,1,1,1,1,1,1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Echalote,,,,,-1,,-1,-1,-1,1,1,1,1,1,1,1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Oignon,1,,,-1,,-1,-1,-1,-1,1,1,1,1,1,1,1,-1,-1,-1,1,-1,,,,,1,1,1,1,,1,,1,1,,,,,1,1,,,,,,1,1,,,,
Poireau,,1,,,-1,1,-1,-1,-1,1,1,1,1,1,1,1,-1,-1,-1,1,,,,,,,,,,1,,,-1,,,,,1,1,1,,,,,,1,1,,,,
Feve,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,,1,,,,,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Haricot,-1,1,-1,-1,-1,-1,,1,-1,,1,1,,,1,,1,,1,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,1,1,,,,1,1,1,2,,,,,,,1,,,
Pois,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,-1,1,,1,1,,,,,,,1,-1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Aneth,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,1,,,,,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Carotte,1,1,1,1,1,1,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,1,-1,,1,,1,,1,,-1,,,,1,,,,,
Celeri,1,1,1,1,1,1,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,1,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,
Cerfeuil,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,1,,,,,1,1,1,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Fenouil,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,1,,,,-1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Panais,1,1,1,1,1,1,1,1,,1,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,
Persil,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,1,,,,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,
Aubergine,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,1,,,,,,,,,,1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Poivron,-1,-1,-1,-1,-1,-1,,,,,,,,,,,1,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Pomme de terre,1,-1,-1,-1,-1,-1,,1,1,,,,,,,,-1,,,-1,,,,,-1,,,,-1,,,,,,,,,,,,1,,,,,,1,,,,
Tomate,1,1,-1,-1,-1,1,,,-1,,1,1,,-1,1,1,,1,-1,1,1,,-1,,1,,,,,,,1,,-1,,,,1,,1,1,,,,,,1,1,,,
Chou,,,,,-1,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,1,,,,,,1,1,,,,1,,,,,,,1,-1,1,,,,1,,,,,,,
Chou rave,,,,,,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,1,,,,,
Chou rouge,,,,,,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Navet,,,,,,,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,1,,,,,,,,,,,,,
Radis,,,,,,,1,1,1,1,1,1,-1,1,1,1,,,-1,1,,,,,,-1,-1,,,,1,,1,,,,1,1,,1,,,,,,1,,,,,
Concombre,,1,,,1,,1,1,1,,,,,,,,,,,,1,,,,-1,,,-1,-1,,,1,,,,,,,,1,1,,1,,,,,,,,
Cornichon,,1,,,1,,1,1,1,,,,,,,,,,,,1,,,,-1,,,-1,-1,,,1,,,,,,,,1,1,,1,,,,,,,,
Cucurbita,,,1,1,1,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,
Courgette,,,1,1,1,,1,1,1,,,,,,,,,,-1,,,,,,,-1,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,
Melon,,,,,,1,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,1,1,,,,,,,,,,
Artichaut,,,,,1,,1,1,1,,,,,,,,,,,,1,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Basilic,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,1,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Bette,,,,,1,-1,1,1,,,1,1,,,,,,,,,,1,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Betterave,1,,,,1,,1,1,,,-1,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,1,-1,,,,,,,,,,
Capucine,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Chicorée,,,,,,,1,1,1,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,
Cresson,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Epinard,,,,,,1,1,1,1,,1,,,,,,,,,1,1,,,1,1,,,,,,,,,1,,,,,1,1,,,,,,,,,,,
Fraisier,1,,,1,1,1,1,1,1,,,,,,,1,,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,1,,,,,1,,,,,,
Laitue,1,,,,1,1,1,1,1,1,1,,1,,-1,-1,,,,1,1,,,,1,1,1,,,1,1,,1,1,,,,1,1,1,,,,,,1,,,-1,,
Maïs,,,,,,,1,2,1,,,-1,,,,,,,1,1,,,,,,1,1,1,,1,,,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,
Menthe,,,,,,,1,1,1,,-1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Oeillet d'inde,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Sarriette,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Sauge,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,
Scorsonère,,,,,1,1,1,1,1,,1,,,,,,,,,,,1,,,1,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,
Souci,1,,,,1,1,1,1,1,,,,,,,,,,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,
Tétragone,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Tournesol,,,,,,,1,1,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-1,,,,,,,,,,,
Vigne,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Lavande,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
1 name Ail Asperge Ciboulette Echalote Oignon Poireau Fève Haricot Pois Aneth Carotte Celeri Cerfeuil Fenouil Panais Persil Aubergine Poivron Pomme de terre Tomate Chou Chou rave Chou rouge Navet Radis Concombre Cornichon Cucurbita Courgette Melon Artichaut Basilic Bette Betterave Capucine Chicoree Cresson Epinard Fraisier Laitue Maïs Menthe Oeillet d'inde Sarriette Sauge Scorsonère Souci Tétragone Tournesol Vigne Lavande
2 Ail 1 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 1 1 1 1 1 1
3 Asperge 1 -1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 1 1 1
4 Ciboulette -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 -1 1 1
5 Echalote -1 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 -1 1 1 1
6 Oignon 1 -1 -1 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
7 Poireau 1 -1 1 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 1 1 -1 1 1 1 1 1
8 Feve -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
9 Haricot -1 1 -1 -1 -1 -1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1
10 Pois -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
11 Aneth 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
12 Carotte 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 -1 1
13 Celeri 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
14 Cerfeuil 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1
15 Fenouil 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 1 1
16 Panais 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
17 Persil 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
18 Aubergine -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 1 -1
19 Poivron -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 1
20 Pomme de terre 1 -1 -1 -1 -1 -1 1 1 -1 -1 -1 -1 1 1
21 Tomate 1 1 -1 -1 -1 1 -1 1 1 -1 1 1 1 -1 1 1 -1 1 1 -1 1 1 1 1 1
22 Chou -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1
23 Chou rave 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
24 Chou rouge 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
25 Navet 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
26 Radis 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1 -1 1 -1 -1 1 1 1 1 1 1
27 Concombre 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 1 1 1 1
28 Cornichon 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 1 1 1 1
29 Cucurbita 1 1 1 1 1 1 -1 -1 1
30 Courgette 1 1 1 1 1 1 -1 -1 -1 1
31 Melon 1 1 1 1 1 1 1
32 Artichaut 1 1 1 1 1 1 1
33 Basilic 1 1 1 1 1 1
34 Bette 1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1
35 Betterave 1 1 1 1 -1 -1 1 1 -1
36 Capucine 1 1 1 1
37 Chicorée 1 1 1 1 1
38 Cresson 1 1 1 1
39 Epinard 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
40 Fraisier 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 1 1 1
41 Laitue 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1 -1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 -1
42 Maïs 1 2 1 -1 1 1 1 1 1 1 -1
43 Menthe 1 1 1 -1
44 Oeillet d'inde 1 1 1 1 1
45 Sarriette 1 1 1 1
46 Sauge 1 1 1 1
47 Scorsonère 1 1 1 1 1 1 1 1 1
48 Souci 1 1 1 1 1 1 1 1 1
49 Tétragone 1 1 1 1 1
50 Tournesol 1 1 1 -1
51 Vigne
52 Lavande

51
data/plants.txt
View file

@ -1,51 +0,0 @@
Ail
Asperge
Ciboulette
Echalote
Oignon
Poireau
Feve
Haricot
Pois
Aneth
Carotte
Celeri
Cerfeuil
Fenouil
Panais
Persil
Aubergine
Poivron
Pomme de terre
Tomate
Chou
Chou rave
Chou rouge
Navet
Radis
Concombre
Cornichon
Cucurbita
Courgette
Melon
Artichaut
Basilic
Bette
Betterave
Capucine
Chicorée
Cresson
Epinard
Fraisier
Laitue
Maïs
Menthe
Oeillet d'inde
Sarriette
Sauge
Scorsonère
Souci
Tétragone
Tournesol
Vigne
Lavande